民国时期属百顺乡第5保。
1951年属里仁乡三元村;1953年8月三元村划入斑竹乡,仍为三元村;1954年1月撤斑竹乡并入里仁乡,辖三元村;1958年9月为里仁公社三元管;1961年改称三元大队;1964年7月撤里仁公社并入鸭江公社,为鸭江公社三元大队;1984年1月撤鸭江公社建鸭江乡,为该乡三元村;1992年9月撤鸭江乡设置鸭江镇,仍辖三元村;2004年6月斑竹村并入三元村。
三元村村民委员会于2004年村镇建制调整中成立,瓦工培训学校,沿用至今。